Ambos equipos, madrileño y bilbaíno, camiseta futbol no podían enfrentarse en partidos oficiales ni participar en la misma competición oficial al ser considerados a efectos el mismo club. Durante la cena de hermanamiento posterior al partido entre los dos equipos, los jugadores del conjunto madrileño preguntaron a los jugadores del equipo vasco si disponían de más camisetas rojiblancas. A finales del año 1909, Juan Elorduy, uno de los jugadores del Athletic madrileño, hizo un viaje a Inglaterra, entre otras cuestiones, para aprovisionar a los dos equipos de camisetas blanquiazules del Blackburn Rovers Football Club. Este período dejó numerosos hechos destacados en las finales de la competición. En su segunda participación, el club finalizó subcampeón, una competición que ganó el Español Foot-Ball Club. En cursiva las selecciones que participan por primera vez. Sin embargo, siguió existiendo vinculación deportiva con el «padre» bilbaíno, el cual continuó convocando a los jugadores del Athletic Club de Madrid para que disputaran bajo la enseña vizcaína el Campeonato de España (destacando el madrileño Manuel Garnica Serrano, goleador en la final del Campeonato de España de 1911 que se adjudicaría el Athletic Club); convocatorias que decaerían cuando en 1912 se originó la primera versión de la llamada «filosofía del Athletic Club», camiseta de futbol conforme a la cual sólo podían jugar allí jugadores vizcaínos.
Esto fue reemplazado por un partido contra Panamá, pero que a su vez fue cancelado cuando los jugadores se negaron a salir al campo en protesta por el manejo de la federación del reparto de dinero del Mundial. La Federación Alemana de Fútbol continuó siendo la misma que entonces, y así lo fueron sus organismos y competencias. Aunque no todos lo tenemos en cuenta, cada vez se da más importancia a los calcetines que elegimos para jugar y entrenar. A partir de ese momento, el Athletic madrileño podía participar en el Campeonato de España (por primera vez en sus diez años de historia), siempre y cuando fuese el campeón del campeonato regional, aunque coincidiese con el Athletic Club de Bilbao. El 1 de enero de 1911, el Athletic Club de Madrid disputó un partido amistoso ante el Athletic Club de Bilbao que acabó con empate a dos en el campo de Lamiako vizcaíno. Tras llegar de viaje, Elorduy le entregó al Athletic Club de Bilbao veinticinco camisetas y guardó la otra mitad en casa de sus abuelos. Juanito Elorduy recordó que había dejado guardadas en casa de sus abuelos una caja con veinticinco de las equipaciones que trajo de Inglaterra.
A pesar de ello, y a diferencia de lo que sucedería con el Athletic bilbaíno, el color azul seguiría estando vinculado al club madrileño, luciéndolo en sus pantalones de forma definitiva desde 1921 para diferenciarse del conjunto vasco. El cambio en el color de la camiseta también acabó motivando que ambos clubes, vizcaíno y madrileño, modificaran en consonancia sus hasta entonces blanquiazules escudos. La nueva etapa en Primera División se enmarca dentro de la burbuja económica que vivió el fútbol chileno en ese tiempo, cuyo fin traería consecuencias gravísimas para el equipo en la siguiente década. El uniforme se completó con una pantaloneta totalmente blanca, siendo la primera vez desde que adidas viste al club, que el short no presentaba sus detalles en azul. Antes de fichar por el conjunto de Reino Unido, había recibido una oferta de la Real Sociedad, equipo de la Primera División de España, que el jugador rechazó. La reacción de Roig para devolver la ilusión a la gente fue contratar a una estrella mundialmente reconocida: Romario (30 años) Siendo el jugador mejor pagado del mundo con salario de 3,6 millones de dólares por temporada, fichaje que no gustó al técnico Luis Aragonés que llegó incluso a presentar su dimisión en verano pero no fue aceptada por Roig.
Dispone de un equipo filial masculino que alzó una Copa de la Liga de Segunda División y fue subcampeón de Segunda División -además de contar con un filial femenino-. Dicho esto, su condición de sucursal era peculiar, pues los madrileños contaban con una junta directiva propia y diferenciada de la de los bilbaínos desde el momento de su constitución (lo cual asemejaría al equipo madrileño, jurídicamente, más bien a una filial societaria y/o deportiva). Cuenta igualmente con una academia de fútbol base para ambos sexos, con numerosos éxitos en el país. Xabier Alonso Olano (Tolosa, País Vasco, 25 de noviembre de 1981) es un exfutbolista y entrenador español. En 1912 asumió la presidencia el exjugador Julián Ruete (quien finalmente también ejercería como entrenador), dándose los últimos pasos para la desvinculación con el Athletic vasco aprovechando que el fútbol español se estructuró federativamente en primer lugar con la creación de la Federación Española de Fútbol el 29 de septiembre de 1913 y en segundo, con la creación de la Federación Regional Centro el 20 de octubre de 1913. Julián Ruete y Manuel Gómez, secretario del club, tomaron la decisión de modificar los estatutos de la sociedad, ya que era un requisito indispensable e inscribieron al club como sociedad independiente en el organismo federativo de la región centro.