Con el club ya en manos del máximo accionista y presidente, Juan Soler, se incorporan al equipo, gracias al trabajo del director deportivo Javier Subirats, futbolistas como David Villa, Patrick Kluivert, camiseta chelsea Miguel Brito o Edu. Una de las primeras decisiones del entrenador fue apartar del equipo a tres futbolistas: David Albelda, Santiago Cañizares y Miguel Ángel Angulo. La temporada arrancó de forma muy irregular, con una victoria en Mestalla 1-0 contra el Real Madrid gracias al gol de Miguel Ángel Angulo en el debut de Zinedine Zidane en la Liga española, con muchos empates (8 en las primeras 13 jornadas), con la eliminación de la Copa en octubre ante el Novelda CF de 2.ªB por alineación indebida de cuatro futbolistas extra-comunitarios en los últimos minutos, y sin conocer la derrota en Liga hasta la jornada 14. La irregularidad fue tal que el equipo llegó a deambular por el 7.º, 8.º y 10.º puesto de la clasificación, motivo que hizo que el pesimismo de la afición aflorara. 17 de febrero de 2009, al no poder hacer frente a los pagos de la empresa constructora, pero el equipo protagoniza el mejor inicio de Liga de su historia al permanecer invicto durante las primeras 8 jornadas, colocándose líder.
El presidente Pedro Cortés ligó su marcha del Valencia a la venta del jugador insignia durante los últimos años, así que abandonó la presidencia y la dejó en manos de Jaime Ortí. La temporada se inició con la conquista de la Supercopa de Europa el 27 de agosto de 2004 por 2-1 frente al Oporto, y como presidente se mantenía a Jaime Ortí, hasta que el 5 de octubre de 2004 fue presionado para dimitir y hacerse así con la presidencia el nuevo máximo accionista, Juan Soler, que recibió las acciones de su padre, Bautista Soler, pasando a ser así presidente del club y máximo accionista. El histórico momento valencianista no pudo ser perfecto al anunciar Rafa Benítez su marcha al Liverpool FC al no sentirse valorado por el club y por discrepancias con el director general, Manuel Llorente, pero la cosecha de títulos se completó en verano, el 27 de agosto de 2004 con la Supercopa de Europa contra el campeón de Europa, el Oporto, por 2-1 con goles de Rubén Baraja y Marco Di Vaio, ya con Claudio Ranieri como nuevo entrenador del equipo en su segunda etapa como entrenador valencianista. Sin embargo la temporada 2003/04 fue la mejor temporada de la historia del Valencia con la consecución de dos títulos y de un tercero en agosto de 2004. Fue gracias sobre todo a la filosofía de Benítez que consistía en la rotación de jugadores y mantenerlos a todos al máximo nivel de rendimiento.
No se hizo ninguna incorporación, lo cual no gustó nada a Benítez. El entrenador escogido para dirigir al Valencia fue un casi desconocido hasta el momento, el madrileño Rafael Benítez procedente del CD Tenerife, recién ascendido de la Segunda División. Hermann era hasta la fecha el segundo entrenador del Fortuna Düsseldorf, por su parte, Gerland era responsable del área deportiva del FC Bayern Campus. Finalmente fue el segundo máximo accionista, Vicente Soriano, quien llegó a un acuerdo por el paquete accionarial de Juan Soler, el cual nunca llegó a comprar, y nombró un nuevo consejo de administración en el que estaban, entre otros, Fernando Gómez Colomer como Vicepresidente Deportivo, convirtiéndose en el máximo responsable de la parcela deportiva en sustitución de Juan Sánchez. En la Liga se alcanzó ya el primer puesto en la jornada 5 y mantuvo una seguridad y un juego constante a lo largo de todo el campeonato, lo que hizo que se proclamara campeón de su 6.º título de Liga el 9 de mayo de 2004 en la jornada 36 en el estadio Ramón Sánchez Pizjuán frente al Sevilla FC, al que derrotó por 0-2 con goles de Vicente Rodríguez y Rubén Baraja. El 4 de junio de 2009, tras su incapacidad para encontrar una viabilidad económica para el club y no poder vender las parcelas del suelo del estadio de Mestalla, el presidente Vicente Soriano presenta su dimisión irrevocable.
Pese a los malos resultados en Liga con el equipo cada vez más cerca de los puestos de descenso, el Valencia va superando eliminatorias en la Copa del Rey ante el Real Unión de Irún, el Real Betis, el Atlético de Madrid y el FC Barcelona en semifinales, consiguiendo así disputar la final de la Copa del Rey el 16 de abril de 2008 en el estadio Vicente Calderón contra el Getafe CF. También obtuvo tres Copas de Italia, en 1985, 1988 y 1989. Disputó la final de la Copa de Europa en 1992, cayendo ante el Barcelona. Tras una irregular temporada, en la que llega a enlazar 6 jornadas consecutivas sin ganar con 5 victorias consecutivas, el equipo finaliza 6.º, en puestos de Europa League y con Villa como máximo goleador español de la Liga con 28 goles. Tras un inicio dubitativo, el equipo logró centrarse en su único objetivo y consiguió quedar 3.º, con Villa como goleador destacado con 25 goles. El equipo se hunde progresivamente en la Liga, y uno de los capitanes apartados, David Albelda, denuncia al club ante la justicia por entender que no se le permitía desempeñar su trabajo y reclamó una indemnización de 60 millones de euros, la cláusula de rescisión de su contrato.
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